Revolutions, Reloaded’ın bittiği yerden devam eder. Neo, gerçek dünya ile Matrix arasında bir ara alanda (tren istasyonu) sıkışmıştır. Trinity ve Morpheus onu kurtarır. Bu sırada Ajan Smith, Matrix içinde kontrol edilemez bir virüse dönüşmüş ve hem programları hem insanları ele…devamı